Lý Quí Khánh hay Lý Quý Khánh sinh ngày 17 tháng 12 năm 1990 trong một gia đình kinh doanh có tiếng.[4][lower-alpha 1] Cha anh là doanh nhân, tiến sĩ Lý Quí Trung, người đã sáng lập ra chuỗi cửa hàng Phở 24 vào năm 2003 và là người Việt Nam đầu tiên được phong hàm Giáo sư danh dự tại trường Đại học Griffith.[6] Theo một bài phỏng vấn cá nhân, Lý Quí Khánh cho biết cha mẹ anh ly hôn khi anh mới 4 tuổi.[7] Ông nội anh là nhà báo Chánh Trinh – nguyên Bộ trưởng Bộ thông tin của chính phủ Việt Nam Cộng hòa.[8][9][10][11] Gia tộc của Lý Quí Khánh là một tập đoàn ẩm thực gia đình hàng đầu ở Việt Nam và có trụ sở chính ở thành phố Hồ Chí Minh.[12] Tập đoàn gia đình này là chủ sỡ hữu hàng loạt chuỗi cà phê nổi tiếng ở thành phố Hồ Chí Minh như Runam, Maxim's Nam An, cũng như hệ thống kinh doanh đồ nội thất Nhà Xinh.[13] Với gia thế như vậy, Lý Quý Khánh thường được gọi với biệt danh "Hoàng tử bé".[14][15]